Conosciuta dai saviglianesi come la CrOsà Neira, l’arciconfraternita della Misericordia o di San Giovanni Decollato fu eretta a partire dal 1614 per ospitare i battuti neri, vestiti di abiti scuri e dediti al conforto dei condannati a morte. Fu eretta su progetto degli architetti luganesi Agostino Rusca e Filippo Piazzola, sotto la direzione del cuneese Giuseppe Fontana. I lavori ebbero inizio nel 1614. La chiesa era costituita da un'unica navata con due altari laterali e da un possente campanile la cui costruzione, iniziata nel 1664 su disegno del capitano ingegnere Giacomo Antonio Biga, si completò solo tra il 1711 e il 1715.
Agli interni riccamente decorati si contrappose una facciata sobria, a due piani, secondo la tipica impostazione architettonica secentesca degli edifici religiosi adibiti a confraternite ospedaliere. Nei primi decenni del secolo scorso le spese di manutenzione dell'edificio cominciarono a farsi sentire. Seguì un periodo difficile dal punto di vista economico, cui si cercò di far fronte con alienazioni di quadri e di opere d'arte. Per contenere questa dispersione, intorno al 1950 paramenti, oggetti sacri e opere d'arte furono consegnati al monastero di San Pietro, dove si conservano tuttora. Negli anni Sessanta la chiesa, ormai sconsacrata, fu adibita a magazzino e laboratorio artigianale.
Nel 1984 un'ordinanza comunale dispose l'abbattimento dell'edificio, che fortunatamente non fu portato a termine grazie all'intervento dell'Associazione Natura Nostra e della Soprintendenza ai Beni Ambientali e Architettonici.
Dopo anni di abbandono e degrado, tra il 2005 e il 2010 l'edificio, ormai privo di copertura e sventrato in corrispondenza del fianco sud della navata, è stato interessato da un intervento di restauro e recupero, voluto dal Comune di Savigliano, su progetto dell'architetto Gianfranco Gritella. Nel progetto di recupero l'architettura moderna si è innestata sulle rovine secentesche con un velario protettivo in acciaio e lega di zinco-titanio che riorganizza gli spazi senza stravolgere le tracce del passato.
Una crepa, appositamente tracciata sulla facciata, ricorda la travagliata storia dell'edificio, ora prestigiosa sala polivalente cittadina.
Nello spazio interno è collocato l'originale del settecentesco fastigio di ferro collocato sulla cuspide del campanile, opera del mastro saviglianese Giorgio Golfi, raffigurante la testa di Giovanni Battista al centro di un nimbo raggiato.
